Denna sci-fi-action utspelar sig 400 år in i framtiden, i en värld där merparten av mänskligheten utrotats av sjukdomar. Det enda som är kvar är den välskyddade staden Bregna, styrd av en samling vetenskapsmän. Filmen fokuserar på Aeon Flux, en medlem av upprorsrörelsen Monican. När Monican, ledd av The Handler, skickar ut Aeon med uppdraget att döda Trevor Goodchild, stadens ledare, finner hon en värld fylld med hemligheter.